L'endocardite batterica è una infezione delle strutture interne del cuore o delle grosse arterie causata "dall'impianto" di batteri o, più raramente, funghi. Il passaggio nel sangue dei germi può essere provocato da focolai di infezione ovunque situati, da interventi chirurgici, da procedure ostetrico-ginecologiche e da manovre strumentali capaci di provocare sanguinamento particolarmente se eseguite su territori abitulmente ricchi di flora batterica come il cavo orale, le vie genito-urinarie, l'apparato respiratorio superiore o l'apparato gastrointestinale.

Sono particolarmente esposti al rischio di contrarre l'endocardite batterica i pazienti portatori di malformazioni cardiache congenite, di vizi valvolari acquisiti o degli esiti di interventi cardiochirurgici (protesi artificiali o biologiche, valvole, patch).

Va sottolineato che la profilassi della Malattia Reumatica mediante Penicillina in forma "ritardo" non previene l' endocardite batterica.